Die Turkmenenstämme der Seldschuken drangen von der kirgisischen Steppe nach Bukhara und Khorasan vor. Dem berühmten Feldherrn Selcuk Beg gelang es dabei, die türkischen Stämme zu vereinigen und so eine große Macht unter seiner Hoheit zu versammeln.
Nach der bereits erwähnten Schlacht von Dandanakan entstand ein groß-seltschukisches Reich, das bis zum Jahre 1157 überdauerte. 1041 verleibte man sich Khorasan, 1051 Isfahan ein. Um 1051 drangen turkmenische Stämme nach Aserbaidschan und ins obere Mesopotamien vor. In der zweiten Hälfte des 11. Jahrhunderts eroberten die Seldschuken nach dem Irak (1055) auch Syrien und Palästina. Bagdad wurde 1091 zur Hauptstadt der Groß-Seldschuken.
Nach dem Tod des berühmten ersten Herrschers Togril Beg wurde Alp Arslan (1063-72) Sultan der Seldschuken. Er stellte sich dem Heer von Byzanz (Istanbul) bei Malazgirt entgegen, vernichtete dort dessen Armee und nahm den Kaiser Romanos Diogenes gefangen. So öffnete er Anatolien für das türkische Volk (1071).
Nizamulmulk, der persische Wesir von Alp Arslan, gründete 1067 die Madrasa an-Nizamiyya, eine bedeutende Schule des schafiitischen Rechts in Bagdad.
Die anatolischen Seldschuken
Sulayman Beg begründete 1077 in Iznik die Herrschaft der Linie der Rum-Seldschuken. Zu jener Zeit wurde der Islam durch die Türken in Anatolien immer schneller verbreitet. Damals waren die Muslime unter Kilic Arslan I. mit dem ersten Kreuzzug nach Jerusalem konfrontiert, der von Papst Urban II. veranlasst worden war (1096). Nach dem Sieg der Kreuzfahrer über Kilic Arslan I. wurde Konya die Hauptstadt der anatolischen Seldschuken. Die anatolischen Sel-dschuken begründeten besonders in Konya und Kayseri eine glänzende Zivilisation. Die Herrschaftszeit von Alaaddin Kaykubat (1219-1237) wird im Allgemeinen als eine Goldene Ära bezeichnet. Infolge der Invasion der Mongolen mussten die anatolischen Seldschuken 1243 am Köse Dag eine schwere Niederlage hinnehmen. Ihr Reich zerfiel in 14 selbstständige Emirate (beylik), die bis zum Jahre 1308 unter mongolischer Hoheit standen.
Der berühmte türkische Volksdichter Yunus Emre (1240-1320) und der große türkische Mystiker Mawlana (1207-1273) lebten in dieser Zeit des Umbruchs. Sowohl zu Zeiten der Groß-Seldschuken als auch der anatolischen Seldschuken wurden wertvolle Beiträge zur islamischen Zivilisation geleistet. Unzählige Gasthäuser, Moscheen, Brunnen, Medresen und Krankenhäuser wurden gegründet, Brücken wurden gebaut. Der islamische Sufismus organisierte sich in unterschiedlichen Orden und entwickelte sich weiter. Er fand in allen Gesellschafts- schichten großen Zulauf. Naturwissenschaften und religiöse Wissen- schaften wurden besonders stark gefördert.